Penobscot River er en 563 km lang flod i staten Maine i det nordøstlige USA. Floden er den næstlængste i Maine, og den længste, der ikke går gennem andre stater end Maine. Floden afvander et område på ca. 22.300 km². Floden har navn efter Penobscotfolket af oprindelige amerikanere. En lille rest af dette folk bor stadig i Penobscot Indian Island Reservation i Penobscot County i det centrale Maine.